孙可望便下令：“如果不是与敌兵厮杀，谁都不得杀人。”接着，孙可望等率领经过整顿的部队进入遵义，一路上大西军秋毫无犯。由于周国卿和刘进忠派遣的军队追踪而来，大西军继续南撤，进入贵州，所过民皆安堵，顺利地占领了省会贵阳。明贵州按察使张耀、布政司参议曾益、都指挥使陈瑞征等逃到定番州（今贵州省惠水县），拼凑了一批武装负隅顽抗。孙可望派定北将军艾能奇领兵进攻，很快攻克定番，张耀等被处死，曾益自杀。明军军前锋在占领遵义和川东部分地区后，因地方残破，到处是一片荒芜，粮食接济不上，被迫“凯旋”回师。大西军在贵州的胜利，使自己摆脱了明军的追击，得以整顿内部和休养士卒。
宋友亮在尽得四川之后，也开始了整顿四川的计划。首先，依旧是医疗队、赈灾队和宣传队为先锋，每到一地都救治百姓，赠医施药，开设粥厂，宣传队则以各种歌舞、滑稽戏等形式宣传安国公和鸿德皇帝是如何爱民如子，甚至还有新从教会学校毕业的中国籍传教士进入四川传教。
对于割据一方的四川明军，则采取军事进攻和政治招抚的双重手段。占据保宁、顺庆南明川陕总督樊一蘅就接到了宋友亮以鸿德皇帝名义发出的圣旨。
一个是北京的鸿德皇帝，一个是南明的弘光皇帝，似乎都是大明正统，樊一蘅一时难以抉择，于是他赶紧找来自己的部下游击马应试商议，游击马应试是个武夫，哪里能出得主意？于是只能找来之前与顺庆豪杰倡义，建‘中兴’赤帜于江浒，数日众至十余万，军声大振。贼卷甲遁，恢复顺庆十余城的举人邹简臣。
邹简臣看了宋友亮的书信和圣旨，莞尔道：“恕我直言，如今天下局势，就像当年的靖难之役一样。但是以我所见所闻，宋友亮本领不在成祖之下，而弘光皇帝更是远逊建文，因此南帝绝对不是北帝的对手。”
樊一蘅笑道：“简臣啊，这我还看不出来吗？可如今两面都是明室正朔，那我该听哪边的好呢？是北还是南？要不这样，我也效仿靖难之役时的人，回一份书信，就说我是大明的大臣，如今天下二帝，所以不知所措，等天下只有一帝的时候，只消一份公文，我便去跪领谢罪？”
邹简臣笑答：“大人你自己都说了，都是正统，那投哪边都不算投敌，依我看，还是从了北面的好。与其到那时去谢罪，不如早早做了从龙之臣。”
邹简臣有看了看游击马应试，问道：“马将军以为如何？”
游击马应试觉得邹简臣说的话有道理，便点头说道：“末将也觉得邹举人的话有道理。”
樊一蘅郑重其事地点了点头，“好吧，我这就准备准备。咱们去重庆~”
随着樊一蘅的归降，占据綦江的明将王祥，盘据黎雅的参将杨展、川西的松潘副将朱化龙等也纷纷投降了宋友亮。同时，宋友亮派出大军对摇黄十三家和李自成余部西山十三家进行清剿，摇黄十三家中最大恶疾的十多个头领都被俘虏，随即押到重庆，宋友亮在重庆举行了几十万百姓参加的公审大会，历数这些土匪的恶行之后，将他们斩首示众。
然而南明兵部尚书兼文渊阁大学士，总督川、湖、云、贵军务，专办川寇的王应熊却不愿归降，宋友亮便派人将他礼送出境。
四川归入北明囊中，在南明引起了极大的震动，马士英怂恿江北四镇试探性地攻击山东和河南的北明军队，但是都大败而归。马士英又派左梦庚进攻江西，左梦庚阳奉阴违，气得马士英也毫无办法。
天下人这时都能看出来，大明的天下即将为北京鸿德皇帝所有。
这时，一直蛰伏福建老家的洪承畴也来到了福建总兵府，拜见郑芝龙。“飞虹将军别来无恙？”洪承畴用闽南话问候郑芝龙
郑芝龙笑答：“吃得下，睡得好，这不，都胖了一圈了。亨九兄到时清减的很啊！”
洪承畴笑道：“是时候咱们上船了吧？”