8月25日的会议已然没有结果，孙文与陈炯明的矛盾陡然激化。
随后就在8月28日深夜，陈炯明的得力干将邓铿被谋杀了。那天深夜，邓铿从香港返回广州，在广九车站下车，即将登上汽车前，两名跟踪的枪手在其身后连开两枪，一弹擦过腹部，另一颗子弹则贯胃部而出。枪击发生后，邓铿被迅速送往省长公署，随后又送进中发韬美医院救治。由于他患有肺痨旧疾，枪伤引发了严重的并发症。第二天一早，即宣告不治身亡。
邓铿之死在广州引发了轩然大波。到底是谁杀了邓铿有说是邓铿大规模查禁鸦片，断了广州的鸦片烟商忌恨，从而派人暗杀他。原来的广东都督龙济光已经被陈炯明架空。陈炯明掌握了广东之后，以严禁烟赌、主张地方自治而著称。自晚清以来，地方政府就把赌税当作财政收入的一个重要来源，所以才会屡禁不止。禁赌无疑要砸掉成千上万大小赌商的饭碗，要截断官府一条每年几百万两的滚滚财源，所以，从一开始陈炯明就面临着不小的压力。不过，陈炯明做得非常决绝，主张以雷霆手段，定期一律禁绝，不留任何余地，才能收效。禁赌章程生效后，广州市面几乎没有一家赌博。为此，广州学界发起为陈炯明铸铜像，以纪念禁赌的成功。当然，陈炯明能在禁烟禁赌方面取得成功，离不开他的战友邓铿。邓铿经常直接指挥宪兵，缉拿偷运烟土之徒，其中以在广州晏公街缉获鸦片200多担为最大一宗，经查是陈炯明部属第二师师长洪兆麟和陈炯明的族人陈觉民等合谋所为。缉获后，邓铿即召集各界代表及各国驻穗领事，共同监视烧毁，时人称颂为林则徐后第二次焚毁鸦片，因此也有人怀疑是洪兆麟等人下的黑手。
不过，随后发生的又一件大事则把公众的视线一下子搅乱了。孙文以联邦大总统的命令，撤销了陈炯明广东省长、第一军司令、粤军总司令、内务总长等职位。这算什么？先砍掉了陈炯明的左膀右臂，杀鸡警猴，然后直接再对陈炯明下手？
第一个坐不住，做出反应的到不是陈炯明，而是杀害邓铿嫌疑很大的粤军第二师师长洪兆麟。洪兆麟，字湘臣，湖南宁乡县西冲山人。洪兆麟出身贫穷，生性勇武好胜。20岁时，投广东防军永字营当兵，渐升至哨长、管带。辛亥革命时受陈炯明、邓铿策动，在惠州反正。二次革命失败后东渡日本。1914年回惠州策动倒龙济光的运动，后任粤军第二师师长。
陈炯明看着怒不可遏的洪兆麟，一言不发。洪兆麟怒道：“不错，邓铿是烧了我的鸦片，我是很生气。可是，我和邓铿一起出生入死那么多年，不是几箱鸦片就能抵消的。况且这鸦片也不是别人给我的，就是孙文的狗奴才陈英士从上海弄来的。现在出了事，就让老子背黑锅？老子不干~！”
陈炯明说道：“孙文偏执且固执，迷信武力，却既没有文韬又没有武略。袁世凯说的好啊，孙文就是一个会乱放炮的孙大炮，咱们不能跟着他一条道走到黑。”
孙中山进广州之前，先对陈炯明承诺，“粤事由陈君主持，中山回粤不过回复前日被逐之颜面。”结果，到广州不久，孙中山就宣布在广州召开非常国会，选举非常大总统。醉心于地方自治的陈炯明，遇上了最顽强也最偏执的职业革命家，崇尚改良的士绅，遇上了暴力革命的鼻祖，安于一方的广东百姓又开始被折腾。孙陈决裂的根本原因，在于孙主张集权，要武力北伐，统一中国，而陈炯明主张联省自治，以南北和平的手段来谋求统一。
洪兆麟忙说道：“反正他的北伐军已经去了江西，广东都是咱们的兵，不如我们也来个兵谏？”
陈炯明沉声道：“谏当然要谏，但是真要把孙文弄出了三长两短，我们也不好交代。不如这样，咱们也学袁世凯当年在北京的办法，弄一出兵变，把孙文轰走就是了。”
洪兆麟笑道：“老子调炮团，对着总统府轰几炮再说。”
陈炯明笑道：“放p，你的炮兵有那么大本事？用空包弹，吓唬一下孙大炮就可以了。”
洪兆麟点头道：“我知道了~！”
8月26日，洪兆麟以4000兵马围攻总统府，并炮轰孙文观音山住所粤秀楼。孙孙在叛军向粤秀楼开进时在警卫团掩护下，匆匆逃到停泊在长堤天宁码头附近的宝壁军舰上避难。稍后，他移驻永翔号军舰，召集舰队官兵，号召讨伐叛逆，决定由舰队先发炮，攻击在省叛军，以示正义之不屈，政府威信之犹在。他率领海军各舰向大沙头、沙河、观音山等处射击，结果使得许多广州百姓莫名其妙地葬身火海。随后，海容号等三艘巡洋舰归附了陈炯明，孙文不得不坐船逃往香港。随后，再辗转前往日本。
赶走孙文之后，陈炯明立刻电告北京，要求和徐天宝谈判，用和平的方式解决国内争端。